Pracownia Diagnostyki Mikrobiologicznej

Kierownik Pracowni: dr n. biol. Katarzyna Semczuk

Lokalizacja: budynek A, piętro I

Sekretariat tel: +48 22 815 72 70

Sekretariat fax: +48 22 815 72 75

Pracownia tel: +48 22 815 72 68 (lub 72-69 lub 72-72 lub 72-66)

Adres e-mail: diagnostyka.mikrobiologia@ipczd.pl

Profil działalności:

Pracownia Diagnostyki Mikrobiologicznej zajmuje się diagnostyką zakażeń o etiologii wirusowej, bakteryjnej oraz grzybiczej. Badania diagnostyczne prowadzone są w oparciu o metody klasyczne, tj. bakterioskopię, hodowlę bakterii na podłożach stałych i płynnych w warunkach tlenowych, mikroaerofilnych oraz beztlenowych. Prowadzona jest również hodowla w kierunku chorobotwórczych grzybów drożdżopodobnych oraz pleśniowych. Do diagnostyki wykorzystywane są również metody: spektrometrii masowej, metody automatyczne, immunochromatograficzne, immunoenzymatyczne, lateksowe.

W Pracowni Diagnostyki Mikrobiologicznej prowadzona jest:

Diagnostyka zakażeń inwazyjnych przebiegających z zakażeniem łożyska naczyniowego – posiewy krwi wykonywane są w automatycznym systemie BD Bactec FX200 i BD Bactec FX40;
Diagnostyka zakażeń ośrodkowego układu nerwowego (posiewy płynu mózgowo-rdzeniowego, preparaty barwione metodą Grama);
Diagnostyka zakażeń układu oddechowego (posiewy wymazów z gardła, aspiratu z zatok, płynu i wymazu z ucha, plwociny, popłuczyn z drzewa oskrzelowego - BAL, płynu z opłucnej, wykrywanie antygenu wirusa RSV w wydzielinie oskrzelowej, wymazu z nosogardła);
Diagnostyka zakażeń skóry i tkanek miękkich, miejsca operowanego (materiały z ran różnego pochodzenia, materiały pobierane śródoperacyjne, wycinki, bioptaty, treści z drenaży);
Diagnostyka zakażeń związanych z cewnikiem naczyniowym i innymi biomateriałami (posiewy metodą ilościową i półilościową);
Diagnostyka zakażeń układu moczowego (ilościowe posiewy moczu);
Diagnostyka zakażeń przewodu pokarmowego o etiologii wirusowej oparta na wykrywaniu bezpośrednio w kale antygenów wirusów (Rota/Adeno, Noro) oraz bakteryjnej oparta na hodowli (min. Salmonella/Shigella, Yersinia spp., enteropatogennych E. coli oraz Campylobacter spp.).
Diagnostyka zakażeń CDI (Clostridioides difficile infection) oparta na wykrywaniu bezpośrednio w kale antygenu GDH oraz toksyn A i B oraz na hodowli Clostridioides difficile.
Diagnostyka zakażeń Helicobacter pylori oparta na hodowli z bioptatów pobranych z błony śluzowej żołądka wraz z oznaczaniem lekowrażliwości.
Diagnostyka nosicielstwa lekoopornych szczepów, tzw. patogenów alarmowych: MRSA (S.aureus opornego na metycylinę), VRE (Enterococcus faecium/faecalis opornego na wankomycynę/teikoplaninę), ESBL (pałeczki Gram-ujemne wytwarzające enzymy typu ESBL), CPO (pałeczki Gram-ujemne oporne na karbapenemy - KPC, MBL, OXA-48) oraz Streptococcus agalactiae.

W Pracowni Diagnostyki Mikrobiologicznej wykonywane są również:

badania wymazów środowiskowych (czystości mikrobiologicznej powierzchni), badanie czystości mikrobiologicznej powietrza metodą sedymentacyjną i zderzeniową);
kontrole jałowości płynów infuzyjnych i mieszanin do żywienia pozajelitowego;
kontrole jałowości sporali- badanie czasowo zawieszone
badania jałowości homograftów.

Identyfikacja drobnoustrojów prowadzona jest z zastosowaniem metod automatycznych (VITEK2), techniką spektrometrii masowej (MALDI-TOF) oraz testów lateksowych i metod molekularnych.

Lekowrażliwość oznaczana jest metodami jakościowymi (dyfuzyjno-krążkową wg. EUCAST) i ilościowymi (z zastosowaniem pasków z gradientem stężeń, metodą MICstrip) oraz metodą automatyczną (z użyciem aparatu Phoenix i VITEK2) zgodnie z zaleceniami EUCAST (European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing) oraz KORLD (Krajowy Ośrodek Referencyjny ds. Lekowrażliwości Drobnoustrojów).

Linki do tabel z rekomendacjami:

https://eucast.org/clinical_breakpoints

http://korld.nil.gov.pl

Definicje, skróty, symbole stosowane przy oznaczaniu lekowrażliwości:

MRSA - (ang. methicyllin-resistant Staphylococcus aureus) - Gronkowiec złocisty oporny na metycylinę;
MRCNS - (ang. methicyllin-resistant coagulase-negative Staphylococcus) – metycylinooporny gronkowiec koagulozo-ujemny;
VRSA/VISA - (ang. vancomycin-resistant Staphylococcus aureus) – Gronkowiec złocisty oporny na wankomycynę (VR)/z obniżoną wrażliwością na wankomycynę;
VRE - (z ang. Vancomycin-Resistant Enterococcus) – Enterokoki z nabytą opornością na glikopeptydy (najczęściej na wankomycynę, czasem na dodatkowo na teikoplaninę);
HLAR Ge - (ang. high-level aminoglycoside resistance) – nabyta oporność na wysokie stężenia aminoglikozydów (np. gentamycyny) - dotyczy głównie Enterococcus, Streptococcus;
Fenotyp MLSB – mechanizm oporności obejmujący makrolidy, linkozamidy oraz streptograminy B;
Fenotyp M - mechanizm oporności obejmujący wyłącznie makrolidy;
ESBL - (z ang. extended-spectrum beta-lactamases) – β-laktamazy o rozszerzonym spektrum działania;
AmpC – chromosomalna cefalosporynaza;
CPO – (ang. Carbapenemase-producing Organisms) – drobnoustroje wytwarzające karbapenemazy;
CPE (z ang. carbapenemase-producing Enterobacteriaceae) – pałeczki Enterobacterales produkujące karbapenemazy;
KPC (ang. Klebsiella pneumoniae carbapenemase) – karbapenemaza klasy A;
MBL - (z ang. metallo-β-lactamases) – karbapenemaza klasy B (metalobetalaktamaza);
NDM (ang. New Delhi Metallo-beta-lactamase) – jedna z typów MBL karbapenemazy klasy B;
VIM (ang. Verona Integron-Mediated Metallo-β-lactamase) – jeden z typów MBL karbapenemazy klasy B;
IMP – karbapenemaza, jeden z typów MBL karbapenemazy klasy B;
OXA – (oxacillinase) - karbapenemazy klasy D; np. OXA-48;
MDR – (ang. multidrug resistance) – wielolekooporność – oporność na co najmniej dwie różne grupy leków;
PDR (ang. pandrug-resistant) - oporne na wszystkie dostępne preparaty.

Wysoką jakość prowadzonych badań zapewnia udział w kontrolach zewnętrznych: krajowych tj. Polmicro – w zakresie identyfikacji, lekowrażliwości i mechanizmów oporności na leki bakteryjnych i grzybiczych czynników etiologicznych zakażeń oraz międzynarodowych tj. Labquality – w zakresie diagnostyki zakażeń bakteryjnych, wirusowych i grzybiczych oraz oznaczania lekowrażliwości i wykrywania mechanizmów oporności i UK NEQAS – w zakresie oznaczania lekowrażliwości.

Pracownia Diagnostyki Mikrobiologicznej uczestniczy również w badaniach naukowych i klinicznych. Zajmujemy się także testowaniem nowych metod i innowacyjnych technologii z zakresu diagnostyki mikrobiologicznej.

Wszystkich chętnych do współpracy w ramach prowadzonych badań diagnostycznych

i współpracy naukowej serdecznie zapraszamy.

Tel: +48 22 815 72 68

Adres e-mail: diagnostyka.mikrobiologia@ipczd.pl

Badania komercyjne

W Pracowni Diagnostyki Mikrobiologicznej możliwe jest odpłatne wykonanie unikatowego badania: Posiew bioptatu (wycinka) z błony śluzowej żołądka w kierunku Helicobacter pylori. Badanie obejmuje hodowlę i wykonanie antybiogramu (lekowrażliwości).

Więcej informacji na temat badania: plik do ściągnięcia (Badanie mikrobiologiczne w kierunku Helicobacter)

Ze względu na unikatowy charakter badania, przed dostarczeniem materiału konieczny jest wcześniejszy kontakt telefoniczny z Pracownią DM (tel. 22 815 72 72 lub 22 815 72 69)

Materiał do badania przyjmowany jest od poniedziałku do piątku w godzinach:

od 8:00 do 15:00 w Rejestracji Zakładu Mikrobiologii i Immunologii Klinicznej bud. A I piętro.

Wykaz badań komercyjnych wykonywanych w Pracowni Diagnostyki Mikrobiologicznej:

Posiew wymazu z gardła w kierunku paciorkowców chorobotwórczych (angina, zapalenie gardła).
Posiew ilościowy moczu w kierunku bakterii tlenowych.
Posiew materiału w kierunku bakterii tlenowych (np. plwocina, wymaz z rany/ropnia/ze spojówki oka/treść z zatok przynosowych/wymaz z pochwy).
Posiew materiału w kierunku bakterii beztlenowych (materiały z rany/ropnia).
Posiew materiału w kierunku mikologicznym (grzybiczym) – badanie czasowo zawieszone
Badanie kału – posiew (bakteryjna etiologia biegunki: Salmonella, Shigella, Campylobacter, Yersinia, biegunkotwórcze E. coli EPEC/EHEC).
Badanie kału w kierunku Clostridioides difficile (wykrywanie antygenu i toksyn).
Badanie kału w kierunku wirusów biegunkowych (wykrywanie antygenów rota-, adeno-, norowirusów).
Badanie w kierunku kolonizacji szczepami lekoopornymi (wymaz z nosa/gardła/odbytu w kierunku tzw. patogenów alarmowych: MRSA/MSSA, VRE, ESBL, CPE).
Posiew bioptatu (wycinka) z błony śluzowej żołądka w kierunku Helicobacter pylori.

Instrukcje pobrania materiału – pliki do ściągnięcia:

Instrukcja pobierania moczu na posiew

Instrukcja pobierania próbki kału lub wymazu z odbytu w diagnostyce biegunek

Instrukcja pobierania wymazu z gardła

Instrukcja Pobierania wymazu z nosa lub wymazu z odbytu

Instrukcja pobierania plwociny

Aktualne ceny oraz instrukcje dotyczące sposobu opłaty za badania znajdują się na stronie Instytutu w wyszukiwarce badań płatnych: http://files.ipczd.pl/

OGÓLNE ZASADY DOTYCZĄCE POBIERANIA MATERIAŁÓW DO BADAŃ MIKROBIOLOGICZNYCH WYKONYWANYCH KOMERCYJNIE:

Materiał do badań mikrobiologicznych powinien być pobrany przed rozpoczęciem leczenia antybiotykowego, najlepiej po konsultacji z lekarzem;
W przypadku braku poprawy po leczeniu antybiotykowym materiał należy pobierać minimum 3- 4 dni po ostatniej dawce antybiotyku;
Przed pobraniem materiału należy zapoznać się z uwagami dotyczącymi pobierania, transportu, przechowywania materiału, a w przypadku wątpliwości skonsultować się z diagnostą laboratoryjnym, mikrobiologiem (Pracownia Diagnostyki Mikrobiologicznej tel. 22 815 72 69 lub 22 815 72 72);
Pobrany materiał należy dokładnie opisać danymi pacjenta (imię i nazwisko, PESEL, data i godzina pobrania materiału);
Do każdego materiału należy wypełnić formularz zlecenia na badanie (zlecenie dla pacjenta wykonującego płatne badanie mikrobiologiczne – plik do ściągnięcia – Informacje_o_pacjencie_wykonującym_badanie płatne)

Wszystkich chętnych do współpracy w ramach prowadzonych badań diagnostycznych

lub współpracy naukowej serdecznie zapraszamy. Prosimy o kontakt:

Tel: +48 22 815 72 68

Adres e-mail: diagnostyka.mikrobiologia@ipczd.pl

Lista badań wykonywanych w Pracowni Diagnostyki Mikrobiologicznej - plik

Instrukcje dotyczące zlecania, pobierania, transportu i przechowywania badań wykonywanych w Pracowni Diagnostyki Mikrobiologicznej dostępne są w Intranecie w Procesie X -Medyczna Diagnostyka Laboratoryjna

Link do procesu X: http://intranet.czd.pl/index.php?option=com_content&view=article&id=137:proces-x-medyczna-diagnostyka-laboratoryjna&catid=57:procesy&Itemid=77